Nous sélectionnons l’approche structurale la plus adaptée à votre cible spécifique, qu’il s’agisse d’une protéine ou d’un acide nucléique, et nous l’alignons sur les objectifs de votre projet.

Cela pourrait inclure la confirmation de la liaison des composés, l’assistance à la conception de médicaments basée sur la structure, la cartographie des épitopes, la réalisation de criblages de fragments ou le soutien d’autres applications.

Nos solutions vont bien au-delà de la production de coordonnées atomiques. Nous proposons une analyse structurelle 3D complète, partageons les enseignements tirés du processus et formulons des conclusions qui orientent les projets et éclairent les stratégies de conception de médicaments.

Modèles structuraux D de biomolécules, représentant les techniques de biologie structurale pour la conception de médicaments, la cartographie des épitopes et le criblage de fragments

Nos solutions en Biologie Structurale

Dispositif de laboratoire illustrant le processus de cristallographie aux rayons X pour la détermination des structures protéiques à haute résolution.

Quelle technique de Biologie Structurale choisir?

Avantages
Inconvénients

techniques bien établies

Nécessite la cristallisation de l’échantillon

Permet d’atteindre une résolution atomique de la structure macromoléculaire à l’état cristallin

Les cristaux doivent être bien ordonnés pour obtenir une diffraction à haute résolution.

Débit élevé une fois le système cristallin établi

Conformation unique

Aucune limitation de taille pour les macromolécules

Dommages causés par les radiations – ceux-ci peuvent être atténués dans une certaine mesure.

La collecte, le traitement et l’analyse des données sont relativement rapides.

Les contacts cristallins peuvent influencer la conformation.

Nécessité de résoudre la phase des données de diffraction pour calculer la densité électronique

Une source de rayons X (interne ou synchrotron) est nécessaire, ainsi qu’un goniomètre, un détecteur, etc. adaptés à la collecte des données.

Avantages
Inconvénients

Technique non destructive

Les protéines dont la masse moléculaire se situe entre 5 et 25 kDa nécessitent un marquage uniforme avec les isotopes 15N et 13C. Une deutération partielle est parfois nécessaire.

La structure macromoléculaire peut être déterminée en solution, sous une large gamme de conditions de force ionique, de pH (< 7,4) et de température.

Les isotopes nécessaires au marquage des protéines sont coûteux et le coût augmente comme suit par L de milieu : 15N(£)< 13C(£x8)

Les peptides dont la masse moléculaire maximale est de 3 à 4 kDa ne nécessitent pas d’enrichissement isotopique.

Une concentration élevée de l’échantillon est requise (~1 mM). Impossible d’attribuer les atomes N et C.

La RMN en solution permet d’explorer un large éventail de propriétés macromoléculaires et ne se limite pas à la détermination de la structure :

  • Dynamique
  • Repliment
  • Interactions
  • Réactions cinétiques en temps réel

La synthèse protéique de novo est la seule méthode disponible pour incorporer des isotopes dans les protéines, et elle est principalement limitée aux systèmes d’expression d’E. coli ou libre de cellule.

Une concentration élevée en protéines est requise, et celles-ci doivent rester stables en solution pendant une période allant de quelques minutes à plusieurs heures.

Les échantillons oligomériques et/ou hétérogènes sont difficiles à traiter

L’acquisition, le traitement et l’analyse des données sont relativement lents.

Un spectromètre RMN (au-dessus de 500 MHz), équipé d’une cryosonde, est nécessaire pour l’acquisition des données.

Avantages
Inconvénients

Adapté aux grands complexes macromoléculaires

L’observation des petites protéines (<150 kDa) est difficile ; leur taille peut être augmentée par l’ajout de partenaires de liaison.

Permet d’atteindre une résolution quasi atomique des protéines dans leur état natif (congelé hydraté).

L’acquisition, le traitement et l’analyse des données sont relativement lents.

Plusieurs états d’une macromolécule peuvent être purifiés in silico à partir d’un seul ensemble de données.

Coûteux en calcul (stockage de données et GPU)

Macromolécules observées dans l’espace réel, sans problème de phase

Dommages causés par les radiations – ceux-ci peuvent être atténués dans une certaine mesure.

Un microscope électronique de 200 kV ou 300 kV est nécessaire pour la collecte des données.

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